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SARS-M Pseudovirus Standard Reference

CBV30005

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I. 背景

Severe acute respiratory syndrome (SARS)2003年二月在亚洲第一次被报道,继而传播到全球十几个国家,SARS属于一种冠状病毒,是一类具有囊膜、基因组为线性单股正链的RNA病毒,对应的结构示意图如下:

根据CDCWHO的介绍,针对SARS的核酸诊断一般是针对ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N、Gene M和Gene E, Gene S更多用于对应药物和疫苗的开发。NCBI收录序列为NC_004718.3,全长29751bp,基因编码4个结构蛋白:SMNE

试剂盒的检测限问题,是造成假阴性的最大根源,因此针对诊断产品的检测限,我们需要认真做每款试剂盒的性能评价。以往针对检测限的性能评价,一般是选择体外转录的RNA、或者临床阳性病毒来作为标准品,用于性能评价。但是两者都具有很明显的确定,首先体外转录的RNA,一般是很纯,单一,不涉及提取,不符合临床病毒的微环境,因此必然造成检测灵敏度被高估,这也是存在高概率假阴性的主要原因;再次临床阳性病毒,即使是灭活的病毒,也是存在很大的生物安全隐患,因此要求实验室级别为P3-P4,大部分开发诊断试剂盒单位都不满足改要求,另外临床阳性病毒也是来源很有限,不能被稳定供应,反复用于试剂盒的性能评价。

 
II.产品描述

有病毒的完整包膜结构,有SARS对应的核酸序列,但是生物安全风险较低的假病毒标准品,完美的克服了选择体外转录的RNA、或者临床阳性病毒来作为标准品的缺点,非常适合用于核酸诊断性能评价的标准品

构建过程:SARS基因合成→假病毒包装→纯化→QC检测(ddPCR)

 
III. 产品介绍
产品名称: SARS-M Pseudovirus Standard Reference
对应序列(详情见附录):

Gene M(666bp)

产品规格: 1ml
拷贝数: >1x10e7copies/ml
生物安全级别: P2
运输与保存方式: 干冰运输,-90 ~ -70°C保存
有效期:  
 
IV. 产品用途与优势
产品用途: SARS诊断试剂盒性能评价
产品优势: • SARS的假病毒标准品,区别于以往体外合成的RNA、临床阳性活病毒,完美克服两者的缺点,真正适合用于试剂盒的性能评价,包含检测限、特异性,重复性等;

• 根据SARS冠状病毒的特点,选取了ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)、Gene M合计4个区段的序列,用于假病毒的包装,4个区段很好的表征了SARS的特征序列;

• 3044am永利集团设计了ddPCR体系的引物、探针序列,可不需要构建标准曲线的前提下完成对假病毒的QC拷贝数检测,非常准确表征标准品的拷贝数,而且克服了Q-PCR分析CT值的相对判断标准的不准确性;

• 假病毒标准品,无致病性,可再生,质控方法可靠,批次间稳定,可以长期稳定制备和供应,而且要求实验室生物安全级别为P2,满足很多单位的安全需求。

 
Ⅴ. 附录

Gene M:

ATGGCAGACAACGGTACTATTACCGTTGAGGAGCTTAAACAACTCCTGGAACAATGGAACCTAGTAATAGGTTTCCTATTCCTAGCCTGGATTATGTTACTACAATTTGCCTATTCTAATCGG

AACAGGTTTTTGTACATAATAAAGCTTGTTTTCCTCTGGCTCTTGTGGCCAGTAACACTTGCTTGTTTTGTGCTTGCTGCTGTCTACAGAATTAATTGGGTGACTGGCGGGATTGCGATTGCA

ATGGCTTGTATTGTAGGCTTGATGTGGCTTAGCTACTTCGTTGCTTCCTTCAGGCTGTTTGCTCGTACCCGCTCAATGTGGTCATTCAACCCAGAAACAAACATTCTTCTCAATGTGCCTCTC

CGGGGGACAATTGTGACCAGACCGCTCATGGAAAGTGAACTTGTCATTGGTGCTGTGATCATTCGTGGTCACTTGCGAATGGCCGGACACTCCCTAGGGCGCTGTGACATTAAGGACCTGCCA

AAAGAGATCACTGTGGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACAAATTAGGAGCGTCGCAGCGTGTAGGCACTGATTCAGGTTTTGCTGCATACAACCGCTACCGTATTGGAAACTATAAATTA

AATACAGACCACGCCGGTAGCAACGACAATATTGCTTTGCTAGTACAGTAA


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